El análisis de la expresión del mRNA del gen de interés se cuantifica mediante la determinación en tiempo real de la amplificación de RT-PCR ciclo a ciclo, en presencia de sondas específicas o de un colorante fluorescentes (SYBR) durante los ciclos de amplificación.

Las condiciones de reacción son optimizadas para cada gen. En cada experimento de qRT-PCR se incluye un control interno, amplificando en paralelo un mRNA de expresión constitutiva,
ß-ACTINA o G6PDH.

Previamente, los RNAs son cuantificados en un espectrofotómetro y su integridad analizada en un electroferograma.